CENTRES DE SANTÉ : COMMENT SÉCURISER LES FLUX ENTRE SOCIÉTÉ DE GESTION ET ASSOCIATION EN CAS DE CONTRÔLE FISCAL ?

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22 sept.

Écrit par Clément Rozant et Mélina Brolli

Dans les groupes de santé structurés autour d’une association gestionnaire et d’une société de gestion, le débat fiscal ne porte plus seulement sur la qualité de la convention ou sur le niveau des honoraires. Il se concentre sur une question beaucoup plus concrète : la capacité à démontrer, pièce par pièce, que les prestations facturées ont été réellement rendues, dans l’intérêt du centre, et qu’elles correspondent à une contrepartie identifiable. C’est sur ce terrain probatoire que se jouent aujourd’hui l’essentiel des remises en cause.

I. Dans les centres de santé, les flux société de gestion / association sont devenus un point de vigilance majeur

Dans les schémas associatifs de centres de santé, cette vigilance n’a rien d’étonnant. Le code de la santé publique interdit la distribution des bénéfices issus de l’exploitation du centre, impose que les comptes permettent d’en vérifier le respect, et prévoit en outre qu’un dirigeant de centre ne peut exercer de fonction dirigeante au sein de la structure gestionnaire lorsqu’il a un intérêt direct ou indirect avec des entreprises privées facturant des prestations à cette structure. Les organismes gestionnaires transmettent par ailleurs chaque année des informations de fonctionnement et de gestion à l’ARS. Dans un tel environnement, les flux entre association et société de gestion sont naturellement scrutés de près. (Légifrance)

Sur le terrain fiscal, le cadre est tout aussi exigeant. Pour être admise en déduction, une charge doit être exposée dans l’intérêt direct de l’exploitation ou se rattacher à une gestion normale de l’entreprise ; elle doit aussi correspondre à une charge effective et être appuyée de justifications suffisantes. Ces principes, très classiques en droit fiscal, prennent une importance particulière lorsque l’on facture des prestations immatérielles, administratives, techniques ou stratégiques. (BOFiP)

En matière de TVA, l’exigence est comparable. Le droit à déduction suppose notamment que la taxe figure sur une facture régulière, que le redevable soit en possession de cette facture et que les services soient utilisés pour les besoins d’opérations ouvrant droit à déduction. S’y ajoute une exigence de cohérence documentaire : la facture doit pouvoir être reliée à l’opération réelle qui la fonde. À défaut, le risque n’est pas seulement celui d’un rappel de TVA ou d’une réintégration de charges ; l’article 1737 du CGI sanctionne aussi la délivrance d’une facture ne correspondant pas à une prestation de service réelle. (Légifrance)

Autrement dit, dans ce type de groupes, la vraie question n’est pas seulement : la convention est-elle bien rédigée ? La vraie question est : peut-on démontrer, de manière chronologique et crédible, qui a fait quoi, quand, pour quel centre, avec quels moyens, et selon quelle logique économique ? (BOFiP)

II. En matière de preuve, la convention et la facture ne suffisent pas à elles seules

Le Conseil d’État rappelle de façon constante que le contribuable doit justifier non seulement du montant de la charge et de sa correcte comptabilisation, mais aussi du principe même de sa déductibilité, en produisant des éléments suffisamment précis sur la nature de la charge et sur l’existence et la valeur de la contrepartie retirée. Il précise également que, lorsqu’une dépense a été réellement supportée et facturée régulièrement, l’administration peut exiger tous les éléments d’information disponibles permettant de justifier la réalité et la valeur des prestations. (Légifrance)

Cette jurisprudence est essentielle pour les groupes de santé. Elle signifie qu’une convention-cadre, même longue et détaillée, n’est qu’un point de départ. Une facture intitulée “management fees”, “assistance administrative” ou “support opérationnel” n’est pas, à elle seule, une preuve suffisante de la réalité de la prestation. Plus la prestation est immatérielle, plus la preuve doit être organisée avec méthode. (Légifrance)

En pratique, le contrôle se focalise souvent sur trois questions très simples. Premièrement, la prestation décrite a-t-elle réellement été exécutée ? Deuxièmement, peut-on identifier les personnes qui l’ont accomplie ? Troisièmement, le prix facturé correspond-il à une contrepartie réelle, intelligible et traçable ? Quand le dossier répond mal à l’une de ces trois questions, la contestation fiscale devient beaucoup plus probable. (Légifrance)

III. Quels modes de preuve faut-il mettre en place ?

1. Une convention précise, mais surtout exploitable

La convention doit évidemment définir les missions confiées à la société de gestion, distinguer les blocs de prestations, identifier les intervenants, prévoir la fréquence des interventions, les livrables attendus, les modalités de calcul de la rémunération et les conditions de reddition de comptes. Mais surtout, elle doit être rédigée de manière à produire ensuite des preuves. Une convention trop générale protège mal ; une convention structurée par prestations, jalons, livrables et assiettes de facturation facilite au contraire la défense du dossier. (BOFiP)

2. Des échanges d’emails contemporains, pas des reconstitutions tardives

Les emails ont une vraie utilité probatoire. Encore faut-il qu’ils soient contemporains, datés, reliés à une mission identifiable et conservés de façon ordonnée. Les meilleurs dossiers sont ceux où l’on retrouve, pour chaque prestation facturée, la demande initiale de l’association, les échanges de cadrage, les relances, les arbitrages, les documents transmis, puis la clôture de la mission. Un simple dossier “prestations société de gestion” alimenté au fil de l’eau vaut souvent mieux qu’une reconstitution laborieuse au moment du contrôle. Cette logique rejoint celle de la piste d’audit fiable, qui impose de pouvoir reconstituer chronologiquement le processus ayant conduit à la facture. (BOFiP)

Concrètement, pour des prestations administratives ou de pilotage, il faut conserver les demandes d’intervention, les réponses opérationnelles, les comptes rendus de réunion, les agendas, les tableaux de suivi, les versions successives des documents et les validations finales. Pour des prestations récurrentes, un email mensuel de synthèse envoyé par la société de gestion à l’association, avec les actions menées et les points en attente, constitue une pièce très utile. (BOFiP)

3. Des preuves adaptées à la nature de chaque prestation

Dans les groupes de santé, les preuves ne sont pas les mêmes selon que la société de gestion intervient sur l’ouverture du centre, les relations ARS/CPAM, la pré-comptabilité, le recrutement, la formation, l’informatique, les achats, la maintenance ou l’organisation du tiers payant. Il faut donc raisonner prestation par prestation. (BOFiP)

Pour les missions réglementaires et institutionnelles, les pièces les plus convaincantes sont les dossiers préparatoires, courriers ou emails avec l’ARS, la CPAM, l’Ordre, les versions annotées des documents transmis, les calendriers de dépôt, les accusés de réception et les comptes rendus de rendez-vous. Pour les missions de recrutement, il faut conserver les mandats, annonces, sélections de CV, comptes rendus d’entretien, prises de références, échanges avec les candidats et validation finale par l’association. Pour la formation, il faut des programmes, feuilles d’émargement, supports, comptes rendus d’accompagnement et bilan des sessions. Pour les achats et négociations fournisseurs, il faut des comparatifs de prix, échanges de négociation, devis, commandes, tableaux d’économies réalisées et éléments de suivi logistique. Pour la maintenance, l’informatique ou les locaux, il faut des tickets, rapports d’intervention, inventaires, contrats prestataires, photographies, attestations de maintenance ou relevés d’incident. (BOFiP)

4. Des preuves tierces

Les meilleures pièces ne viennent pas toujours de la société de gestion elle-même. Les preuves tierces sont souvent décisives : emails de fournisseurs, convocations d’entretien, échanges avec les mutuelles, relevés d’intervention de prestataires techniques, attestations de présence en formation, courriers d’organismes, tableaux de suivi partagés avec l’association, ou encore traces issues des logiciels métiers et outils de ticketing. Plus le dossier contient de traces extérieures ou croisées, plus la matérialité de la prestation devient difficile à contester. (BOFiP)

5. Une facture enrichie d’une annexe de mission

La facture devrait rarement partir seule. Dans ce type de schéma, il est prudent d’y joindre une annexe récapitulative mentionnant la période concernée, la nature des prestations, les personnes intervenues, les principales actions réalisées, les livrables remis et la base de calcul du prix. Cela n’est pas toujours légalement imposé comme tel, mais c’est souvent la différence entre un dossier défendable et un dossier fragile. La facture cesse alors d’être un simple libellé comptable pour devenir la synthèse d’une prestation traçable. (BOFiP)

IV. La substance de la société de gestion est un sujet central

Au-delà des pièces, l’administration regardera inévitablement la substance de la société de gestion. La question est simple : cette société avait-elle réellement les moyens humains, matériels et organisationnels de rendre les services qu’elle facture ? La jurisprudence montre bien l’importance de ce point : lorsqu’un personnel identifié exerce effectivement des fonctions au profit de la société bénéficiaire, et que cette activité est démontrée, la défense est beaucoup plus solide. (Légifrance)

Dans la pratique, la substance ne signifie pas nécessairement une structure lourde. En revanche, elle suppose un minimum de cohérence entre le périmètre facturé et les moyens mobilisés : intervenants identifiés, contrats de travail ou de mise à disposition, adresses email professionnelles, outils utilisés, agendas, locaux ou organisation de travail, chaîne de décision, capacité à produire des livrables, suivi des missions, et charges propres réellement supportées. Une société de gestion qui facture l’ouverture d’un centre, le recrutement, la formation, les achats et l’assistance administrative sans salarié, sans outil, sans calendrier, sans dossier partagé et sans trace d’intervention sera mécaniquement beaucoup plus exposée. (Légifrance)

Il faut également penser à la gouvernance. Dans les centres de santé, les règles relatives aux conflits d’intérêts et à la non-distribution des bénéfices renforcent la sensibilité du sujet. La substance ne doit donc pas seulement être opérationnelle ; elle doit aussi être institutionnelle et documentaire. Les organigrammes, délégations, procès-verbaux, règles de validation des prestations et politique de facturation doivent être cohérents avec le cadre de santé. (Légifrance)

V. Les bons réflexes à mettre en place avant le prochain contrôle

Le premier réflexe consiste à documenter au fil de l’eau et non a posteriori. Une preuve reconstituée plusieurs années après a toujours moins de force qu’une trace contemporaine. La documentation doit être pensée dès l’émission de la facture, pas au moment de la proposition de rectification. (BOFiP)
Le deuxième réflexe est de faire correspondre exactement la facture, la convention et les pièces d’exécution. Le libellé de facture doit reprendre les catégories contractuelles, et l’annexe doit permettre de remonter sans rupture à la demande initiale, aux échanges opérationnels et au livrable final. C’est précisément ce que recherche la piste d’audit fiable en matière de facturation. (Légifrance)
Le troisième réflexe est d’objectiver autant que possible le prix. Les forfaits sont possibles, mais ils sont mieux défendus lorsqu’ils reposent sur une logique documentée : temps consacré, nombre d’ETP suivis, nombre de recrutements, volume d’achats négociés, journées d’ouverture, surface ou moyens techniques mis à disposition, nombre de sessions de formation ou volume d’interventions. Plus l’assiette est intelligible, moins la facturation ressemble à une simple extraction de marge. (Légifrance)
Le quatrième réflexe est de centraliser la preuve. Un dossier numérique par mois ou par facture, contenant convention, demande, échanges, livrables, justificatifs tiers, annexe de facturation et validation de l’association, fait gagner un temps considérable et réduit fortement le risque de perte documentaire. Fiscalement, les documents soumis au droit de contrôle doivent être conservés six ans ; commercialement, les documents comptables et pièces justificatives sont conservés dix ans. (Légifrance)

En définitive, la meilleure défense n’est ni purement juridique, ni purement comptable. Elle est organisationnelle. Dans les groupes de santé, la société de gestion doit être en mesure de démontrer, sans effort artificiel, la réalité de son intervention. Lorsqu’il existe une convention claire, des prestations réellement exécutées, des preuves contemporaines, une facturation intelligible et une société de gestion dotée d’une substance minimale cohérente avec les missions facturées, le risque fiscal baisse sensiblement. À l’inverse, lorsque le schéma repose surtout sur des intitulés génériques et des flux peu documentés, le contrôle fiscal trouve un terrain naturellement favorable. (Légifrance)

VI. Conclusion

Dans ce type de dossier, le sujet n’est pas seulement de “bien rédiger” une convention entre l’association et la société de gestion. Le véritable enjeu est de transformer chaque prestation en opération démontrable. La facture doit raconter une histoire cohérente ; les emails, livrables et pièces tierces doivent la confirmer ; la société de gestion doit avoir la substance nécessaire pour l’assumer. En matière de contrôle fiscal, la matérialité de la prestation n’est pas une formule. C’est un dossier. (Légifrance)

FAQ

Non. Elle est indispensable, mais elle ne suffit pas à elle seule. Il faut aussi des éléments précis sur la nature de la charge, l’existence de la contrepartie et la réalité de l’exécution. (Légifrance)
Oui, à condition qu’ils soient datés, contemporains, reliés à une mission identifiable et cohérents avec la facture et les autres pièces. Ils sont particulièrement utiles pour établir la chronologie réelle de la prestation. (BOFiP)
Non. La déduction suppose notamment une facture régulière, la possession de cette facture et l’utilisation des services pour des opérations ouvrant droit à déduction. Si la prestation n’est pas réelle, la déduction peut être remise en cause. (Légifrance)
Non, pas automatiquement. Mais l’absence de moyens humains ou organisationnels rend la preuve beaucoup plus difficile, car l’administration demandera qui a concrètement réalisé les prestations facturées. (Légifrance)
Ce n’est pas toujours imposé textuellement, mais c’est fortement recommandé. Une annexe décrivant les prestations réalisées, les intervenants et la base de calcul renforce très nettement la défense du dossier. (BOFiP)
Sur le plan fiscal, les documents soumis au contrôle de l’administration doivent en principe être conservés six ans. Sur le plan commercial, les documents comptables et pièces justificatives sont conservés dix ans. (Légifrance)
Parce que le droit de la santé encadre fortement leur gestion : interdiction de distribuer les bénéfices du centre, contrôle des conflits d’intérêts et exigences de transparence sur les comptes et le fonctionnement. (Légifrance)

Sources

Conseil d’État, 21 mai 2007, n° 284719, Société Sylvain Joyeux. (Légifrance)
Conseil d’État, 26 avril 2024, n° 458958, Kyowa Synchro Technology Europe. (Légifrance)
CGI, article 39 ; BOFiP, BIC - Frais et charges - Conditions générales de déduction des frais et charges ; BOFiP, Charges effectives et justifiées. (Légifrance)
CGI, article 271 ; BOFiP, TVA - Conditions formelles d’exercice du droit à déduction - Mentions sur les factures d’achat. (Légifrance)
CGI, article 289 ; BOFiP, Factures sécurisées au moyen de contrôles établissant une piste d’audit fiable. (Légifrance)
CGI, article 1737. (Légifrance)
Livre des procédures fiscales, article L102 B ; Code de commerce, article L123-22. (Légifrance)
Code de la santé publique, articles L6323-1-3, L6323-1-4 et L6323-1-13. (Légifrance)

Article écrit par Clément Rozant et Mélina Brolli.

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À PROPOS DES AUTEURS

CLÉMENT

Rozant

ASSOCIÉ FONDATEUR
AVOCAT À LA COUR

Clément a commencé sa carrière en janvier 2010 au sein du cabinet CMS Bureau Francis Lefebvre avant de fonder le cabinet Rozant & Cohen en novembre 2015.

MÉLINA

Brolli

AVOCATE FISCALISTE

Titulaire d’un Master 2 DJCE avec une spécialisation en fiscalité, Mélina Brolli a rejoint le cabinet Rozant & Cohen en octobre 2025 après une première expérience significative dans un cabinet d’affaires parisien.